典型树形结构对大部分网站来说是最优化的，但有的时候由于域名权重比较低，就算网站比较扁平，最终产品页面还是权重过低，无法达到搜索引擎蜘蛛爬行收录的最低标准。这时可以考虑彻底改变树形结构。
仔细观察标准树形结构可以看到一个潜在弱点：分类页面得到太多链接和权重。不仅首页直接链接到分类页面，分类页面之间互相链接，网站上所有最终页面也通过主导航系统链接到所有一级分类，以及一部分二级分类页面。也就是说，在权重分配上，级别高的分类页面和首页几乎差不多，得到了网站所有页面的链及传递的权重。
对大部分网站来说，分类页面收录不成问题。分类页面积累的权重过高，反而使得最终产品页面获得的权重比较低。站长可以考虑把树形结构改为将不同分类进行分隔的链接结构。
在这种结构下，一级分类只链接到自己下级分类，不链接到其他一级分类。二级分类页面只链接回自己的上级分类，而不再链接到其他一级分类（包括其他一级分类下的二级分类）。同样，最终产品页面只链接回自己的上级分类页面，不再链接到其他分类页面。这样，分类之间形成隔离，首页权重将会最大限度地“灌入”到最终产品页面，而不是浪费在分类页面上。
这里所说的不链接到其他分类页面，既可以是真的取消链接，也可以通过禁止蜘蛛爬行的JavaScript，Flash等方式实现。一些网站的实验证明，恰当使用这种方式可以使原本没有被收录的整个分类整体权重提升，达到被收录的最低标准。要注意的是，这种方法只考虑收录，而没有考虑分类页面的排名问题。分类页面获得权重降低，也意味着排名力降低。
另外，更为重要的是，这种结构非常复杂，程序人员在处理哪些页面可以链接向哪些页面时必须非常小心，一不留神就可能使整个网站链接关系混乱。这是比较难以掌握的方法之一，不到万不得已一般不要尝试。
